Query (optional)   in Class  All Allele Author Colleague Collection Assembly Gene Gene Class Gene Product Germplasm Image Journal Keyword Library Locus Map Map Data Marker Pathology Polymorphism Probe Protein QTL Rearrangement Reference Sequence Species Trait Trait Study Two Point Data  

---

GrainGenes Map Data Report: Oat, CxI

[Submit comment/correction]

Map Data	Oat, CxI
Map	Oat-CxI-1 [ Show all 30 ]
Species	Avena sativa
Female Parent	Clintland 64 (oat)
Male Parent	IL86-5698 (oat)
Type	Genetic
Map Units	cM (Kosambi)
Reference	Jin H et al. (2000) Combined AFLP and RFLP mapping in two hexaploid oat recombinant inbred populations Genome 94-101.
Remarks	An AFLP linkage map was constructed using 126 recombinant inbred lines from a cross between two hexaploid oats, 'Clintland64' (BYDV sensitive) and 'IL86-5698' (BYDV tolerant). 26 primer combinations were used for AFLP analysis, resulting in 193 loci mapped to unique positions, 73 mapped to intervals, 8 assigned to linkage groups, and 44 unlinked markers. AFLP locus names indicate the primers used and the band scored, numbering the polymorphic bands upward from the smallest. Loci with 'n' suffixes were associated with tolerance or sensitivity to BYDV in at least one pair of near-isogenic lines (NILs). See GrainGenes reference PHY-88-410, by Jin et al.
Data Curator	Hane, David Carollo, Victoria
Image	Oat CxI 1-15 Oat CxI 16-30
Locus	[ Hide all but 1 of 264 ] e1m2-2 e1m2-3b e1m3-1 e1m3-10 e1m3-11 e1m3-12n e1m3-14 e1m3-2 e1m3-3 e1m3-4 e1m3-4a e1m3-5 e1m3-6 e1m3-6an e1m3-7 e1m3-8 e1m3-9 e1m6-1 e1m6-10n e1m6-11 e1m6-13 e1m6-14 e1m6-14a e1m6-15 e1m6-15a e1m6-16n e1m6-2 e1m6-3 e1m6-5n e1m6-6 e1m6-7 e1m6-8 e1m6-9 E1M6-9a e1m8-1a e1m8-2 e1m8-3n e1m8-4 e1m8-4a e1m8-5 e1m8-6 e1m8-7 e1m8-8 e2m2-11 e2m2-12 e2m2-15 e2m2-1b e2m2-1d e2m2-1e e2m2-1f e2m2-1g e2m2-3 e2m2-4 e2m2-5 e2m2-5a e2m2-6 e2m2-7 e2m2-8 e2m3-1 e2m3-10 e2m3-12 e2m3-12a e2m3-2a e2m3-2n e2m3-3 e2m3-4n e2m3-5 e2m3-5a e2m3-6n e2m3-7 e2m3-8aA e2m3-8aB e2m3-8C e2m3-9 e3m3-10 e3m3-11 e3m3-12 e3m3-13 e3m3-15 e3m3-16 e3m3-17 e3m5-1 e3m5-11A E3M5-11b e3m5-13 e3m5-3 e3m5-4n e3m5-5 e3m5-6 e3m5-6a e3m5-7 e3m5-8 e3m5-9 e3m7-1 e3m7-1a e3m7-2 e3m7-3n e3m7-4 e3m7-5 e3m7-6 e3m7-7 e3m7-7a e4m2-1a e4m2-1b e4m2-1c e4m2-1e e4m2-1fn e4m2-2 e4m2-2a e4m2-4 e4m2-5 e4m6-1 e4m6-1a e4m6-3 e4m6-6a e4m6-7 e4m6-8 e4m6-9n e4m7-1 e4m7-1a e4m7-2 e4m7-3 e4m7-4 e4m8-1 e4m8-1a e4m8-2 e4m8-3 e4m8-4 e4m8-5 e5m1-1 e5m1-11n e5m1-13n e5m1-2n e5m1-6n e5m1-7 e5m1-9n e5m5-1 e5m5-10 e5m5-10an e5m5-11 e5m5-3 e5m5-4 e5m5-5 e5m5-6 e5m5-7 e5m5-8 e5m5-9 e5m7-10 e5m7-11 e5m7-4 e5m7-5 e5m7-6 e5m7-8 e5m7-9n e6m4-1a e6m4-1c e6m4-2 e6m4-2an e6m4-2b e6m4-3 e6m4-3a e6m4-3b e6m4-4 e6m4-4a e6m4-5 e6m4-6n e6m4-7 e6m5-10n e6m5-11 e6m5-1a e6m5-1n e6m5-2 e6m5-3aA e6m5-3aB e6m5-5 e6m5-5a e6m5-6n e6m5-7 e6m5-7a e6m5-8n e6m5-9 e6m6-10n e6m6-11 e6m6-12 e6m6-13 e6m6-14a e6m6-17 e6m6-18a e6m6-19 e6m6-1n e6m6-20n e6m6-2n e6m6-3n e6m6-4a e6m6-4n e6m6-5 e6m6-6n e6m6-7 e6m6-8 e6m6-9 e7m2-2 e7m2-3 e7m2-4 e7m2-5 e7m2-6 e7m2-7 e7m2-7a e7m2-7c e8m1-1 e8m1-13 e8m1-3 e8m1-4 e8m1-6 e8m1-7n e8m1-8 e8m1-9n e8m3-1 e8m3-10 e8m3-13 e8m3-14 e8m3-15 e8m3-16 e8m3-17n e8m3-1n e8m3-2 e8m3-3 e8m3-4 e8m3-5n e8m3-6n e8m3-7 e8m3-9 e8m8-1 e8m8-2n e8m8-3 e8m8-4n e8m8-5 e8m8-6 e8m8-8 e8m8-9 e9m5-1 e9m5-10 e9m5-10b e9m5-11 e9m5-12 e9m5-13 e9m5-14a e9m5-15 e9m5-16 e9m5-2a e9m5-2b e9m5-2n e9m5-3 e9m5-4 e9m5-5n e9m5-6 e9m5-7 e9m5-7b e9m5-8 e9m5-9n e9m6-1a e9m6-1n e9m6-2 e9m6-3a e9m6-4

GrainGenes is a product of the Agricultural Research Service of the US Department of Agriculture.