Query (optional)   in Class  All Allele Author Colleague Collection Assembly Gene Gene Class Gene Product Germplasm Image Journal Keyword Library Locus Map Map Data Marker Pathology Polymorphism Probe Protein QTL Rearrangement Reference Sequence Species Trait Trait Study Two Point Data  

---

GrainGenes Sequence Report: AY040832

[Submit comment/correction]

Sequence	AY040832
Subsequence	AY040832_1.cds 1399 6561 AY040832_2.cds 9219 14372
External Databases	Data at GenBank Data at EMBL Data at DDBJ
TIGR Gene Index	TC153955
Data at Gramene	Gramene-Protein Q94BM1
DB Remark	Locus Source: Hordeum vulgare
Species	Hordeum vulgare
Data Source	genbank Release 135, Apr 15 2003
Title	Hordeum vulgare Ty3/gypsy retrotransposon cereba gag-pol polyprotein gene, complete cds.
Remark	DB_xref: taxon:4513 Feature: source: mol_type = 'genomic DNA'; Feature: source: mol_type = 'genomic DNA'; transposon = 'Ty3/gypsy retrotransposon cereba'
EMBL Feature	misc_feature 258 274 PBS site Location: 258..274 [ Show all 7 ]
DNA	aagctttccctcttatattccgcaatatccccgattgcaatcttggnttc ttgcttgttcttcgtttgcgtgcaggaaacagaccctcgtggtcaggttg atcgtgctccggtgtgatcaataacctctcggagttggtttagcgattgc taaggcgcgacgtcctcacacgttcgtagtcggatcgtcaaagtctactc catctaaaacgatatccacgatctcatcgaaagacagggacaacttcgcc tctatcaagtggtatcagattttcaggttgctcggtgagattctaccagt ttttcatctttagatcggatctgttcttcatacctatcgtccacgaaaca gccaaaaaaaaaaatatatattaggcttagatcatcatatccgaaccaat ctgagcctttgcataatcttttcagtagttgcttagttgaatttgcggtt acatcgtcgtgtcgagttgctggtcttagtgtctagttttttagagtttc gagttctgttcatagtttgtcacgccgtcaccgcatcgtatctcatcata taccaccaccacgccaccattatccttgctgccatataccatcaccacgc caccattatccttgctgccatataccaccaccatatatccattaccatcc tagtctgtttcggtttaggttaatttcgagatctatttgatttcgattcc gcgtttccttacctgagtctggcacgctttccagagcgctttttaggcca aaatttcgaggggtgaaattttttttttccctatcgttttgttaggtttt ttaaagagttttgagaccctcgccatcatagtgattttttcacatttttt tggccgccgcagccccgcaccgctacaaaaaaaaaaaaaagtgtccacaa aaaatttcgtccctatcctgtttttagtccttgggaagagttttgagcca ctcgccattatagtgatttcctgaaaaaaaaaaaaaaaaaagaagaaaaa atcagagtggctcttcccttgattagtacgtgtcgtcgtgacttcgttgg tgttctaggctcgcgtctctagtccgatctagcctaggaccagcacggta ccgtcgttgagcgtcttttcaattttgcatctctgaactgattatagctg acccttcttgctaccatattataagccttcccagctccacatacatctac ctcgtgtgtttgacaccacctggcaatcgctatatccaaccttcgagagt tttgactacaccggttgccgatcgccacctgctgctgggtaagaatttgt aagaaattgagatttgcttgacagatttgtgacacaccaccaccacttcc tagtagtctgtagggtcatattttgctgtgttcctattgctgctaaccat gccaggatcacacgacgaggagatcgactgggagaacctgaccaaccagg agctttatgataaatttcagcaaatgatgtctcagcaggtacagggtttc ctaacaacctttggagaggccatggaaaagctggacggtatggagcagaa attcgacaccaagatgaatgccaagttcaatgaggtgcttgccagattac caccaccagctatagcttctgttcccctgcaaccacaacaacggcgacga ccgggacgcgtgcctctcggccacgtgcagccttttattggtcttgatcc tccaactgtcgctgctggtgctggtgctgctgctgctgctgctgctgctg ctgctgctgaggtttctccggctgagcagcatgatgattatgatgatgat tacgatggtgattacgatgctgagggagagcatgctccagttcagcacgg ggaacaacaaccaccaccacgacaagccgccggtcgtccacatggataca accgcaacggtagggatgcaccacaccctcaggtacgggatcacgaccat ctccctaaagttaaattgaatattcctagttttgatggtcgctatgttcc tgatctatatcttacttgggagttagaaacagaacaacgttttacatgct tgcaatttcctgaagatagacgtgtggctgctgctgtttgttctttcact agttttgcttgtrtttggtggtctgaatattgtcgaatacatcatgctaa tattccagctacttgggctgctttgaaaactgctatgcgtactcgttggg ttccaccatattatcaacgcgacttacttcaaaacttgcagcgtttaaga caaggaaaaaagtctgtagaagaatattatcaggaattacaaactggcat gattagatgtggtattgttgaggacaatgaagctatgcttgcacgtttta tgggtggactaaatagagatattcagactattctagaatataaggattat macactatcactcgtttattccatcttgcttgcaaagctgaacgtgaagt gcaggatcgacaggctttggcaagaactaacttttctgcaggtcgcactt cctcatggacgccacgaaccacgtctacttcaacacgtcctcctgcatcc gcaccacctgtttcagccgccagttccaccagagataccaggaaacaggc cccggcaccatcgttcgccaagagtacaccttctgggcccgcacagagtt cttcttcatccactgcatctacagggcaaacacatgaggttatctgtcgt cgttgcaagggkggaggtcattatgcgagagagtgtccatccaagcgtgt gatgattattactgaggatggtggatatgactccgctagcgattatgacg aggagactctggctcttattgcaagtgaagaacggggtgtagctgatact gcacaagagacacaatacatggctgctgactacgctgacaggtatgaaag cttagttgctcaacgtgttttaagtgtgcaggtaacacaggttgaacaaa atcagaggcacaacttgttccatactaagggagtggtaaaggaacgttct gttcgcgtaatcatcgatggagggagttgcaacaacttagctagcatgga gatggtggagaagctatctctcaccaccagaccacatcctcatccttatt atatccagtggttcaacaacagtggcaaggttaaggtaacacgtactgtt cgtgtgcattttagcattgctacatattctgattttgttgattgtgatgt ggtacccatgcaagcatgctccgttttacttggtagaccatggcaatttg ataaaaattctgtacaccatggtagaacaaatcagtatactcttgttcat aaggatcaaaatataactttgcttcctatgtctcctgaacatattatgaa agatgacattgctagagctagtaaagcaaaacaagacctacataagagtg aaaatcagattgtagcaaaagaatttgagcaacacaataagcctaataaa tcatcatctagtgttgcctctgaaataaaactgaaaagtggttgtttact tgccactaaatccgatattactgatttggatatcactacatctgtttgct atgctttcgtctgcaaagaggtattattttcatttgaggacatgccatcc tctttgcctcctgctgtcattaacattttgcaggagttcgctgacgtctt tccacaagacgtgccaccgggattaccacctattagagggattgagcatc agattgatttaattcccggtgcatcgctaccgaaccgtgcaccataccgt accaatccagaggagacgaaggagattatgcgtcaagtacaagagctact cgacaaaggttatatacgtgaatctcttagtccttgtgctgtgcctatta ttctagtgccgaaaaaggatggtacatcgcgtatgtgtgttgattgtaga ggcattaataatattactattcgtwatcgtcatcctattcctaggctaga tgatatgcttgatgaattaagtggctctataattttctctaaagttgatt tgcgtagtggataccatcaaattcgcatgaaattgggagatgaatggaaa acggcatttaaaactaagtttggattatatgagtggttagttatgccttt tggtttgactaatgcacctagcactttcatgagattaatgaatgaggttt tacgtgctttcattggacgctttgtggtagtctactttgatgatatatta atttatagtagatctttggaggaccacttggatcatttgcgtgctgtttt tactgctctccgtgatgcacgtttgtttggtaaccttgggaagtgcacct tttgcacggaccgagtatcttttcttggctatgttgttactccacaggga attgaagttgataaagctaagattgaagctattgagagttggccgcaacc caaaacggtcacacaagtgcggagtttccttggastcgctgggttttata ggcgttttgtgagagattttagcaccattgctgcacctctcaatgagctt acaaagaaagatgtgccttattcttggggtactgcacaggaagaagcctt cacagttttgaaagataagttaactcatgctcccttactccaacttcctg attttaataagactttcgagcttgaatgtgatgctagtggaattggatta ggaggtgtgttattacaagatggtaaacctgttgcatacttttctgaaaa actaagtgggcctagtctgaattattctacttatgataaggaattatatg ctcttgttcggactttggaaacatggcaacattatttatggcccaaagaa tttgtcatacattctgatcatgaatctttgaaacatattaaaagtcaagc aaaactgaaccgtagacatgctaaatgggttgaattcattgagactttcc cgtacgtcattaaacacaagaagggtaaagataatgttattgctgatgct ttgtctcgtcgttatactatgctttcacaacttgactttaaaatatttgg tttggaaaccatcaaagatcaatatgtgcatgatgctgatttcaaagatg tgttggagaattgtagagaagggagaacatggaacaagttcatcattaat aatggctttgtgtttcgtgctaacaagctatgcattccagctagctctat tcgtcttttgttgttacaggaggcgcatggaggaggattgatgggacact ttggcgtaaagaagatggaggacgtacttgctacacatttcttttggcca aggatgcgacgggatgttgagcgttttgttgctcgctgcacgacatgtca aaaagctaagtcacgactgaatcctcatggtttatatatgcctttgcctg tacctagtgttccttgggaggatatatctatggactttgttttaggttta cctcgaacaaagaaggggagggatagcatatttgttgtcgtggatagatt ttcaaaaatggcacactttataccatgtcataaaagtgatgatgccgcta atgtggctgatttgttctttcgtgaaattattcgcttacatggtgtgcca aatacgattgtttcagatcgtgatgctaaatttcttagccacttttggcg atgtttatgggctaagttggggacaaaattgctttttagtactacatgtc acccccaaactgatggacaaactgaagtagtcaatagatctttgtctact atgcttagggctgttttgaagaacaatataaaactgtgggaagaatgctt gcctcatattgaatttgcttataatcgttcgctgcattctactacaaaga tgtgcccttttgaaattgtgtatggtttcctacctcgtgcacctattgat ttgttacctattccatcttcggagaaggttaattttgatgctaaagaacg tgctgaattgatattgaagatgcatgagttaactaaggaaaacattgagc gcatgaatgctagatataaacttgctggagataagggtagaaaacatgtt gtctttgcacctggagatcttgtttggttgcatttgcgtaaggataggtt tccggatttgcgtaagtcaaagctaatgccgcgtgctggtggtcctttca aagtgttagaaaaaataaatgataacgcatatcgacttgagctgcctgca gattttggggttagtccaacttttaacattgcagatttgaagccatattt gggtgaggaagatgagcttccgtcgaggacgacttcagttcaagaagggg aggatgatgaggacatcaataccattgctacacccacagcaccagctgct atacatactggaccagttactagagctcgtgcacgccaattgaattacca ggtactttcgtttattgggaatacttctaatgttcatgaacatatgatgc tgcctaagttagatacttttgttgttctcatgaatgaaggacctagcatg gacaagaaggatatccgttggagcgggatgaagcatggcaaacaaggggc acgcgcgggagagaacaatggagcttcccttggtgatttccgcactttaa agccaccataaggagagcatgaagactttggacgaaatattcaagacccc actttattaatttcgtccataggctattataggtgttgcgccaccttatt tttgggccaggcccatgtaatttcgaaataccataatataggctattttt agagtccgtatgtgtggggaaaccgagactagggctgttttcggaaccct tccccaagggttacgaaattgcctctcttttccctcatatatacagccct tagggcaccgtttagacttgggttttgtttagatttcaagttcgccatag ctgcaacttcgcgttcttcgtttgtgttctacgaccagacaaagacgtca cagaaccccaccttcatcaataaagctttcctcttatattcgcaatatcc tgattgcaatcttggtttcttgcttgttcttcgtttgcgtgcaggaaaca gaccctcgtggtcaggttgatcgtgctccggtgtgatcaataacctctcg gagttggtttagcgattgctaaggcgcgacgtcctcacacgttcgtagtc ggatcgtcaaagtctactccatctaaaacgatatccacgatctcatcgaa agacagggacaacttcgcctctatcactacacccacagcaccagctgcta tacatactggaccagttactagagctcgtgcacgccaattgaattaccag gtactttcgtttattgggaatacttctaatgktcatgaacatatgatgct gcctaagttagatacttttgttgttctcatgaatgaaggacctagcatgg acaagaaggatatccgttggagcgggatgaagcatggcaaacaaggggca cgcgcgggagagaacaatggagcttcccttggtgatttccgcactttaaa gccaccataaggagagcatgaagactttggacgaaatattcaagacccca ctttattaatttcgtccataggctattataggtgttgcgccaccttattt ttgggccaggcccatgtaatttcgaaataccataatataggctattttta gagtccgtatgtgtggggaaaccgagactagggctggtttcggaaccctt tcccaagggttacgaaatggctctcttttcctcatatatacaggccttag gcaccgttagacttgggttttgtagattcaagttcgccatagctgcaact tcgcgtcttcgttggtgttctacgaccagacaaagacgtcacagaacccc accttcatcaataaagctttcctcttatattcgcaatatcctgattgcaa tcttggtttcttgcttgttcttcgtttgcgtgcaggaaacagaccctcgt ggtcaggttgatcgtgctccggtgtgatcaataacctctcggagttggtt tagcgattgctaaggcgcgacgtcctcacacgttcgtagtcggatcgtca aagtctactccatctaaacgatatccacgatctcatcgaaagacagggac aacttcgcctctatcaagtggtatcagattttcaggttgctcggtgagat tctaccagtttttcatctttagatcggatctgttcttcatacctatcgtc cacgaaacagccaaaaaaaataawatatattaggcttagatcatcatatc cgaaccaatctgagcctttgcataatcttttcagtagtttgcttagttga atttgcggttacatcgtcgtgtcgagttgctggtcttagtgtctagtttt ttagagtttcgagttctgttcatagtttgtcacgccgtcaccgcatcgta tctcatcatataccaccaccacgccaccattatccttgctgccatatacc atcaccacgccaccattatccttgctgccatataccaccaccatatatcc attaccatcctagtctgtttcggtttaggttaatttcgagatctatttga tttcgatttcgcgtttccttacctgagtaggtttcggaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaattcgaggggtgaaatttttttttccctatcgttttg ttaggttttttaaagagtttggagaccctcgccatcatagtgattttttc acatttttttggccgccgcaaccccgcaccgctacaaaaaaaaaaaaaag tgtccacaaaaaatttcgtccctatcctgtttttagtccttgggaagagt tttgagccactcgccattatagtgatttcctgaagaaaaaaaaaaaaaag aaaaaaaaaaagaagaaaaactcagagtggctcttcccttgattagtacg tgtcgtcgtgacttcgttggtgttctaggctcgcgtctctagtmcgatct agcctaggaccagcacggtaccgtcgttgagcgtcttttcaattttgcat ctctgaactgattatagctgacccttcttgctaccatattataagccttc ccagctccacatacatctacatcgtgtgtttgacaccacctggcaatcgc tatatccaaccttcgagagttttgactacaccggttgccgatcgccacct gctgctgggtaagaatttgtaagaaattgagatttgcttgacagatttgt gacacaccaccaccacttcctagtagtctgtagggtcatattttgctgtg ttcctmttgctgctaaccatgccaggatcacacgacgaggagatcgactg ggagaacttgaccaaccaggagctttatgataaatttcagcaaatgatgt ctcagcaggtacagggtttcctaacaacctttgaagaggccatggaaaag ctggacggtatggagcagaaattcgacaccaagatgaatgccaagttcaa tgaggtgcttgccagattaccaccaccagctatagcttctgttccccttc aaccacaacaacggcgacgaccgggacgcgtgcctctcggccacgtgcag ccttttattggtcttgaacctccaactgctgctgctggtgctggtgctgg tactgctgctgctgctgctgaggtttctacggctgagcagcatgatgatt atgatgatgattacgatggtgattacgatgctgagggagagcatgctcca gttcagcacggggaacaacaaccaccaccacgacaagccgccggtcgtcc acatggatacaaccgcaacggtagggatgcaccacaccctcaggtacggg atcacgaccatctccctaaagttaaattgaatattcctagttttgatggt cgctatgttcctgatctatatcttacttgggagttagaaacagaacaacg ttttacatgcttgcaatttcctgaagatagacgtgtggctgctgctgttt gttctttcactagttttgcttgtatttggtggtctgaatattgtcgaata catcatgctaatattccagctacttgggctgctttgaaaactgctatgcg tactcgttgggttccaccatattatcaacgcgacttacttcaaaacttgc agcgtttaagacaaggaaaaaagtctgtagaagaatattatcaggaatta caaactggcatgattagatgtggtattgttgaggacaatgaagctatgct tgcacgttttatgggtggactaaatagagatattcagactattctagaat ataaggattataacactatcactcgtttattccatcttgcttgcaaagct gaacgtgaagtgcaggatcgacaggctttggcaagaactaacttttctgc aggtcgcacttcctcatggacgccacgaaccacgtctacttcaacacgtc ctcctgcatccgcaccacctgtttcagccgccaattccaccagagatacc aggaaacaggccccggcaccatcgttcgccaagagtacaccttctgggcc cgcacagagttcttcttcatccactgcatctacagggcaaacacatgagg ttatctgtcgtcgttgcaagggtggaggtcattatgcgagagagtgtcca tccaagcgtgtgatgattattactgaggatggtggatatgactccgctag tgattatgacgaggagactctggctcttattgcaagtgaagaacggggtg tagmtgatactgcacaagagacacaatacatggctgctgactacgctgac aggtatgaaagcttagttgctcaacgtgttttaagtgtgcaggtaacaca ggttgaacaaaatcagaggcacaacttgttccatactaagggagtggtaa aggaacgttctgttcgcgtaatcatcgatggagggagttgcaacaactta gctagcatggagatggtggagaagctatctctcaccaccagaccacatcc tcatccttattatatccagtggttcaacaacagtggcaaggttaaggtaa cacgtactgttcgtgtgcattttagcattgctacatattctgattttgtt gattgtgatgtggtacccatgcaagcatgctccgttttacttggtagacc atggcaatttgataaaaattctgtacaccatggtagaacaaatcagtata ctcttgttcataaggatcaaaatataactttgcttcctatgtctcctgaa catattatgaaagatgacattgctagagctagtaaagcaaaacaagacct acataagagtgaaaatcagattgtagcaaaagaatttgagcaacacaata agcctaataaatcatcatctagtgttgcctctgaaataaaactgaaaagt ggttgtttacttgccactaaatccgatattactgatttggatatcactac atctgtttgctatgctttcgtctgcaaagaggtattattttcatttgagg acatgccatcctctttgcctcctgctgtcattaacattttgcaggagttc gctgacgtctttccacaagacgtgccaccgggattaccacctattagagg gattgagcatcagattgatttrattcccggtgcatcgctaccgaaccgtg caccataccgtaccaatccagaggagacgaaggagattatgcgtcaagta caagagctactcgacaaaggttatatacgtgaatctcttagtccttgtgc tgtgcctattattctagtgccgaaaaaggatggtacatcgcgtatgtgtg ttgattgtagaggcattaataatattactattcgttatcgtcatcctatt cctaggntagatgatatgcttgatgaattaagtggctctataattttctc taaagttgatttgcgtagtggataccatcaaattcgcatgaaattgggag atgaatggaaaacggcatttaaaactaagtttggattatatgagtggtta gttatgccttttggtttgactaatgcacctagcactttcatgagattaat gaatgaggttttacgtgctttcattggacgctttgtggtagtctactttg atgatatattaatttatagtagatctttggaggaccacttggatcatttg cgtgctgtttttactgctctccgtgatgcacgtttgtttggtaaccttgg gaagtgcaccttttgcacggaccgagtatcttttcttggctatgttgtta ctccacagggaattgaagttgataaagctaaaattgaagctattgagagt tggccgcaacccaaaacggtcacacaagtgcggagtttccttggactcgc tgggttttataggcgttttgtgagagattttagcaccattgctgcacctc tcaatgagcttacaaagaaagatgtgccttattcttggggtactgcacag gaagaagccttcacagttttgaaagataagttaactcatgctcccttact ccaacttcctgattttaataagactttcgagcttgaatgtgatgctagtg gaattggattaggaggtgtgttattacaagatggtaaacctgttgcatac ttttctgaaaaactaagtgggcctagtctgaattattctacttatgataa ggaattatatgctcttgttcggactttggaaacatggcaacattatttat ggcccaaagaatttgtcatacattctgatcatgaatctttgaaacatatt aaaagtcaagcaaaactgaaccgtagacatgctaaatgggttgaattcat tgagactttcccgtacgtcattaaagacaagaagggtaaagataatgtta ttgctgatgctttgtctcgtcgttatactatgctttcacaacttgacttt aaaatatttggtttggaaaccatcaaagatcaatatgtgcatgatgctga tttcaaagatgtgttggagaattgtagagaagggagaacatggaacaagt tcatcattaataatggctttgtgtttcgtgctaacaagctatgcattcca gctagctctattcgtcttttgttgttacaggaggcgcatggaggaggatt gatgggacactttggcgtaaagaagatggaggacgtacttgctacacatt tcttttggccaaggatgcgacgggatgttgagcgttttgttgctcgctgc acgacatgtcaaaaagctaagtcacgactgaatcctcatggtttatatat gcctttgcctgtacctagtgttccttgggaggatatatctatggactttg ttttaggtttacctcgaacaaagaaggggagggatagcatatttgttgtc gtggatagattttcaaaaatggcacactttataccatgtcataaaagtga tgatgccgctaatgtggctgatttgttctttcgtgaaattattcgcttac atggtgtgccaaatacgattgtttcagatcgtgatgctaaatttcttagc cacttttggcgatgtttatgggctaagttggggacaaaattgctttttag tactacatgtcacccccaaactgatggacaaactgaagtagtcaatagat ctttgtctactatgcttagggctgttttgaagaccaatctaaaactgtgg gaagaatgcttgcctcatattgaattcgcttataatcgttcgctgcattc tactacaaagatgtgcccttttgaaattgtgtatggtttcctacctcgtg cacctattgatttgttacctattccatcttcggagaaggttaattttgat gctaaagaacgtgctgaattgatattgaagatgcatgagttaactaagga aaacattgagcgcatgaatgctagatataaacttgctggagataagggta gaaaacatgttgtctttgcacctggagatcttgtttggttgcatttgcgt aaggataggtttccggatttgcgtaagtcaaagctaatgccgcgtgctgg tggtcctttcaaagtgttagaaaaaataaatgataacgcatatcgacttg agctgcctrcagattttggggttagtccmacttttaacattgcagatttg aagccatatttgggtgaggaagatgagcttccgtcgaggacgacttcagt tcaagaaggggaggatgatgaggacatcaataccattgctacacccacag caccagctgctatacatactggaccagttactagagctcgtgcacgccaa ttgaattaccaggtactttcgtttattgggaatacttctaatgttcatga acatatgatgctgcctaagttagatacttttgttgttctcatgaatgaag gacctagcatggacaagaaggatatccgttggagcgggatgaagcatggc aaacaaggggcacgcgcgggagagaacaatggagcttcccttggtgattt ccgcactttaaagccaccataaggagagcatgaagactttggacgaaata ttcaagaccccactttattaatttcgtccataggctattataggtgttgc gccaccttatttttgggccaggcccatgtaatttcgaaataccataatat aggctatttttagagtccgtatgtgtggggaaaccgagactagggctgtt ttcggaacccttccccaagggttacgaaattgcctctcttttccctcata tatacagcccttagggcaccgtttagacttgggttttgtttagatttcaa gttcgccatagctgcaacttcgcgttcttcgtttgtgttctacgaccaga caaagacgtcacagaaccccaccttcatcaataaaagctttcctcttagn ttngcannntcctnagctgcaatcttgcgtttcttgcttgttcttctntt gcnctntaagtagcagaccctcggtggtcaggttgatcgctnctccggtg tgatcaataacctcccggagttggtttagcgattgctaagggcgcgacgt cctcacacgttcgtagtcggatcgtcaaagtctactccatctaaacgata tccacgatctcatcgaaagacagggacaacttcgcctcnatca

GrainGenes is a product of the Agricultural Research Service of the US Department of Agriculture.